Opowiadania krążyły, że był nieślubnym synem króla Władysława IV, oddanym na wychowanie magnackiego rodu Kostków.

Przypuszczalnie pochodził z Prus, gdzie mógł urodzić się ok. 1620 roku w należącej do drobnej szlachty rodzinie Napierskich, pieczętującej się herbem Dąbrowa. Czasem przyznawał się do pochodzenia z możnej rodziny Kostków ze Sztemberku tego samego herbu. W trakcie swojego krótkiego żywota używał różnych nazwisk – m.in. Aleksander Leon Kostka-Napierski, Aleksander Leon ze Sztemberku Napierski, a tuż przed swoim smutnym końcem stwierdził, że nazywa się Wojciech Stanisław Bzowski.

Wyrażano się o nim – „nieźle włada piórem, nie jest mu obca też łacina i języki obce”.

W 1645 roku pojawił się w dokumentach jako oficer w służbie szwedzkiej w trakcie wojny trzydziestoletniej. Przypuszczalnie rok później wrócił do Polski, gdyż Władysław IV wezwał rodzimych wojskowych do powrotu z zagranicznej służby, aby szykowali się do wojny z Turcją. Jako obyty w świecie i znający języki obce – łacinę i niemiecki – Kostka-Napierski wyjechał do Szwecji, gdzie na zlecenie króla miał czynić zaciągi na służbę wojskową, ale śmierć monarchy w 1648 roku zniweczyła całe przedsięwzięcie, niefortunny emisariusz został zapewne na lodzie.

Nie wiadomo, co czynił później. Być może najęli go Szwedzi, przypuszcza się jednak, że mógł porozumieć się co do współpracy z hetmanem Bohdanem Chmielnickim i księciem Siedmiogrodu Jerzym II Rakoczym, którzy wiosną 1651 roku planowali wspólne uderzenie przeciwko królowi Janowi Kazimierzowi. Wiosną 1651 roku Kostka-Napierski wrócił do ojczyzny i przybył na Podhale.

Tam grunt był najbardziej podatny do powstania w kwietniu 1651 roku. Napierski wspólnie z kierownikiem szkoły parafialnej w Pcimiu Marcinem Radockim przygotowuje powstanie. Według pamiętnikarza z epoki Stanisława z Oświęcimia Radocki był „wierutnym łotrem i ordynaryjnym przeciwko każdemu kasztelanowi krakowskiemu, panu swemu, buntownikiem”.

Napierski pozyskuje sobie też Stanisława Łętowskiego z Czarnego Dunajca, zwanego Marszałkiem. Był to poważany przez okolicznych buntowniczy i hardy kmieć, który toczył ostre spory ze starostą – najpierw sądowo, a potem po zbójecku, prowadząc napady na dobra lokalnego dostojnika, a przy okazji także na okoliczne miejscowości, co w zasadzie było włościańskim buntem.

Posiadając licznych przywódców chłopskich Kostka-Napierski przygotowuje wybuch powstania na dzień 15 czerwca 1651 roku. Punktem powstańczym miał być zamach w Czorsztynie. Sytuacja była dogodna. Szlachecka Rzeczpospolita była zainteresowana zadaniem ostatecznej klęski powstańcom ukraińskim, ściągając całą swoją armię pod Beresteczko. Pierwszym etapem powstania miało być opanowanie zamku w Czorsztynie, co powstańcom udało się w pełni.

„Rankiem w środę 14 czerwca 1651 roku, gdy zajął nadgraniczny zamek w Czorsztynie, miał ze sobą garstkę buntowników, nie więcej niż 30–40 osób, ale też i zamek był prawie pusty – bronił go jedynie dzierżawca i jeden hajduk. Urzędujący tam na co dzień starosta nierozważnie zabrał wcześniej załogę z nadgranicznej warowni i wraz z miejscowym pospolitym ruszeniem udał się na wojnę z Kozakami. Kostka-Napierski posłużył się podstępem, pokazując sfałszowany dokument królewski, nakazujący oddanie zamku pod jego komendę.

Zamek był dostępny tylko z jednej strony, co ułatwiało jego obronę, a dodatkowo leżał kilkaset metrów od granicy węgierskiej, co pozwala z kolei domniemywać, że buntownicy liczyli na pomoc wojsk księcia Rakoczego.

Napierskiemu wydawało się, że po tym wypadku chłopi tłumnie podążą do powstania, jednak tak nie było. W świadomości chłopów zbyt świeże były jeszcze okrucieństwa szlachty, która krwawo tłumiła poprzednie wystąpienia chłopskie. Dlatego powstanie nie przybrało masowego charakteru.

Napierski nie wziął również pod uwagę, że przeciwko powstaniu wystąpią władze kościelne, których majątki ziemskie były uprawiane przez chłopów pańszczyźnianych.

Poważnym błędem taktycznym Kostki-Napierskiego było to, że po zajęciu Czorsztyna nie przystąpił do dalszej akcji zbrojnej, tylko postanowił czekać, a tym samym pozwolił szlachcie i duchowieństwu przygotować siły do kontrataku.

Biskup krakowski Piotr Gębicki wyprawił przeszło tysiąc ludzi pod Czorsztyn. Korzystając z pomocy zdrajców sprawy chłopskiej, ks. Stanisława Kaszkiewicza i jego ludzi, udało się wojskom opanować Czorsztyn.

Upadek Czorsztyna przypieczętował los powstania. Kostka-Napierski został skazany na śmierć przez wbicie na pal. Łętowski na ćwiartowanie, a Radocki, który ze względu na swe stanowisko nauczycielskie uchodził za osobę na poły duchowną, miał być w drodze łaski ścięty mieczem, a dopiero głowa jego miała być wbita na pal.

Jan Ratajczyk, ŻP nr 22/32/58

Mateusz Drożdż; Aleksander Kostka-Napierski i jego powstanie. Chłopski bohater czy zdrajca?